1999年，梅江区辖5个街道、2个镇、3个乡：金山街道、五洲街道、东山街道、江南街道、城西街道、三角镇、长沙镇、东郊乡、城北乡、西郊乡。
2002年7月，梅江区调整行政区划：将东山街道办事处和东郊镇并入金山街道办事处，撤销城西街道办事处和西郊镇，设西郊街道办事处，将五洲街道办事处并入城北镇，镇、办事处由原来的10个减少为6个；村委会和社区由原来的116个撤并为92个。2002年机构改革后到现在，下辖长沙、三角和城北3个镇及金山、西郊和江南3个街道，共有54个村民委员会和38个社区居民委员会。2007年江南街道办事处的梅龙社区居民委员会调整分设为鸿都社区居民委员会和梅龙社区居民委员会。全区有39个社区居民委员会。
2012年12月，梅江区举行梅州市梅江区西阳镇划归梅江区管辖挂牌揭幕仪式，原梅县区管辖的西阳镇正式划入梅江区 。调整后，梅江区辖4个镇、3个街道，总面积570.9平方公里，常住人口42.1万人，户籍人口35.34万人。
截至2012年12月，梅江区辖3个街道（金山街道、江南街道、西郊街道）、4个镇（长沙镇、三角镇、城北镇、西阳镇），共81个村民委员会和42个社区居民委员会。