1997年，黔江区辖联合、冯家坝、濯水、马喇、两河5个镇；九龙、白合、黑溪、西泡、沙坝、工农、石会、后坝、南海、中塘、栅山、青冈、舟白、县坝、濯西、水市、犁弯、五里、小庄、鹅池、学堂、杨柳、新安、新华、石家河、蒲花、金溪、新花、黎水、杉岭、新民、白石、黄溪、金洞、早化、平溪、石钟、水田、白土、太极、邻鄂、蓬东、寨子、正阳、渗坝45个乡。
2001年11月，黔江区将乡镇调整为3个街道办事处、15个镇、12个乡。保留7个乡镇不变：蓬东乡等。原舟白、县坝两乡合并设立舟白镇；原濯水镇、濯西乡、蒲花乡合并设立新的濯水镇；原金溪乡、平溪乡合并设立金溪镇；原黑溪乡、白合乡合并设立黑溪镇；原鹅池乡、学堂乡合并设立鹅池镇；原黄溪乡、新民乡合并设立黄溪镇；原南海乡、后坝乡合并设立小南海镇；原黎水、新花两乡合并设立黎水镇；邻鄂乡改为邻鄂镇；原西泡乡并入沙坝乡；原早化乡并入金洞乡；原杨柳乡、新安乡并入水市乡；原寨子乡并入冯家镇；原官庄乡并入马喇镇；原梨弯乡并入两河镇。
2005年，黔江区辖3个街道、15个镇、12个乡：城东街道、城南街道、城西街道、两河镇、石会镇、黑溪镇、黄溪镇、黎水镇、金溪镇、马喇镇、濯水镇、石家镇、鹅池镇、正阳镇、舟白镇、小南海镇、冯家镇、邻鄂镇、中塘乡、蓬东乡、沙坝乡、白石乡、杉岭乡、太极乡、水田乡、白土乡、金洞乡、五里乡、水市乡、新华乡。
2007年6月11日，黔江区将两河镇更名为阿蓬江镇，其管辖区域和镇政府驻地不变。调整后，黔江区辖3个街道、15个镇、12个乡：城东街道、城南街道、城西街道、正阳镇、舟白镇、小南海镇、冯家镇、邻鄂镇、阿蓬江镇、石会镇、黑溪镇、黄溪镇、黎水镇、金溪镇、马喇镇、濯水镇、石家镇、鹅池镇、中塘乡、蓬东乡、沙坝乡、白石乡、杉岭乡、太极乡、水田乡、白土乡、金洞乡、五里乡、水市乡、新华乡。
2009年，黔江区撤销舟白镇、正阳镇、冯家镇，设立舟白街道、正阳街道、冯家街道。调整后，黔江区辖6个街道、12个镇、12个乡：城东街道、城南街道、城西街道、舟白街道、正阳街道、冯家街道、小南海镇、邻鄂镇、阿蓬江镇、石会镇、黑溪镇、黄溪镇、黎水镇、金溪镇、马喇镇、濯水镇、石家镇、鹅池镇、中塘乡、蓬东乡、沙坝乡、白石乡、杉岭乡、太极乡、水田乡、白土乡、金洞乡、五里乡、水市乡、新华乡。
城东街道
城东街道位于黔江区中部，面积50平方千米。辖文汇、南海城、官坝、石城、下坝、杉木、金桥、高涧8个社区。办事处驻石城社区育才路。
城南街道
城南街道位于黔江区中部，面积70平方千米。辖沙坝、南沟、黑山、南家、一心、青坪、菱角、香水、牛郎9个社区。办事处驻南沟路。
城西街道
城西街道位于黔江区中部，县政府所在地。面积89.734平方千米。辖西山、水井湾、迎宾、洞塘、塘坊、大庄、册山7个社区，关云1个行政村。 办事处驻新华大道西段路。
正阳街道
正阳街道位于黔江区东南部，面积43.39平方公里。辖积富、团结、朝阳、群力、桐坪5个社区。办事处驻凉水井。
舟白街道
舟白街道位于黔江城区东北部，面积85.187平方千米。辖路东、平坝、舟白、五台、县坝、箭坝、石门7个社区，丛山1个行政村。办事处驻张家坝。川鄂公路过境。
冯家街道
冯家街道位于黔江区中部，面积51平方千米。辖桂花、中坝、桥南、照耀、渔滩、寨子6个社区，柏腊、马林2个行政村。办事处驻冯家坝。国道319线过境。
小南海镇
小南海镇位于黔江区北部，面积111.43平方千米。辖大路1个社区，桥梁、双岩、塘莲洞、荆竹、双堡、新建、小南海7个行政村。镇政府驻新场。黔（江）黄（溪）公路过境。
邻鄂镇
邻鄂镇位于黔江区东部，面积50平方千米。辖沙子场、五马顶2个社区，艾坪、高坪、松林、邻鄂4个行政村 。镇政府驻沙子场。
阿蓬江镇
阿蓬江镇位于黔江区南部，面积174平方千米。辖两河、龙田、高碛3个社区，大坪、漠河、分水、麒麟、细水、青杠、黄莲、石合、彭家、柒坨10个行政村。镇政府驻两河口。国道319线过境。
石会镇
石会镇位于黔江区西部，面积128平方千米。辖关后、黎明、武陵3个社区，中元、工农、会西、青山、高峰、梅子6个行政村。镇政府驻两会坝。国道319线过境。
黑溪镇
黑溪镇位于黔江区西北部，面积94平方千米。辖胜地、白合2个社区，改革、苏维、光明、互助4个行政村。镇政府驻胜地坝。黔（江）石（柱）公路过境。
黄溪镇
黄溪镇位于黔江区西北部，面积70平方千米。辖黄桥1个社区，塘河、三羊、茶山、新民、兴阳、共林6个行政村。镇政府驻鱼泉口。黄（溪）黎（水）、两（会坝）黄（溪）公路贯穿境内。
黎水镇
黎水镇位于黔江区西北端，面积76平方千米。辖华阳1个社区，黄泥、黎水、竹园、新花、长坪村5个行政村。镇政府驻地黎水坝。黄（溪）黎（水）公路过境。
金溪镇
金溪镇位于黔江区西南部，面积84平方千米。辖金溪1个社区，长春、望岭、清水、岔河、山坳、桃坪、平溪7个行政村。镇政府驻筲箕滩。黔（江）彭（水）公路过境。
马喇镇
马喇镇位于黔江区东南部，面积92平方千米。辖莲花1个社区，杉树、龙溪、高炉、小万、官庄、香树、印合7个行政村。镇政府驻马喇湖。黔（江）早（化）公路过境。
濯水镇
濯水镇位于黔江区南部，面积105平方千米。辖濯水、三门、蒲花、白杨、乌杨5个社区，桐木、五福、堰塘、双龙4个行政村。镇政府驻濯河坝。铁路、国道319线过境。
石家镇
石家镇位于黔江区西南部，面积104平方千米。辖石家1个社区，关口、茶溪、交溪、马脑顶、渗坝、鱼田、清塘、长山、火石垭9个行政村。镇政府驻石家河。黔（江）彭（水）公路过境。
鹅池镇
鹅池镇位于黔江区西南，面积73.2平方千米。辖鹅池、学堂2个社区，治安、方家、社溪、石柱、南溪、杜家6个行政村。镇政府驻鹅池。黔（江）彭（水）公路过境。
中塘乡
中塘乡位于黔江区东北部，面积80.47平方千米。辖中塘1个社区，兴泉、胜利、迎新、双石4个行政村。乡政府驻中坝。黔（江）南（海）公路过境。
蓬东乡
蓬东乡位于黔江区境东部，面积34.933平方千米。辖蓬勃1个社区，麻田、勃兴、尖山、蓬东4个行政村。乡政府驻火草坝。黔（江）早（化）公路过境。有官渡峡棺葬（岸墓葬）、苗家水葬等奇观。
沙坝乡
沙坝乡位于黔江区西部，面积80平方千米。辖十字1个社区，脉东、木良、石桥、西泡、万庆、三台6个行政村。乡政府驻客喜堡。乡道与国道319线交会。
白石乡
白石乡位于黔江区西北部，面积95平方千米。辖中河1个社区，凤山、龙池、玉岩、天河、鞍山、九龙、复兴7个行政村。乡政府驻白石关。两（会坝）黄（溪）公路、黔（江）黄（溪）公路过境。
杉岭乡
杉岭乡位于黔江西北部，面积53.621平方千米。辖杉岭1个社区，林峰、枫香、兴隆、尖山子、苦竹5个行政村。乡政府驻乌龟堡。黔（江）黄（溪）公路过境。
太极乡
太极乡位于黔江区中部偏西南，面积60平方千米。辖太极1个社区，李子、石槽、金团、新陆、鹿子、太河6个行政村。乡政府驻太极场。黔（江）石（家）公路过境。
水田乡
水田乡位于黔江区中部，面积40平方千米。辖水田1个社区，龙桥、石郎、大塘3个行政村。乡政府驻水田坝。乡道接黔（江）彭（水）公路。
白土乡
白土乡位于黔江区中西部，面积66平方千米。辖白土1个社区，凉洞、安堡、三塘、金塘4个行政村。乡政府驻白土坝。乡道与黔（江）彭（水）公路交会。
金洞乡
金洞乡位于黔江区东南部，面积92平方千米。辖杨家1个社区，鱼泉、金洞、大垭、早化、凤台5个行政村。乡政府驻杨家坳。黔（江）早（化）公路过境。
五里乡
五里乡位于黔江区东南边陲，面积48平方千米。辖五里1个社区，干溪、胡家坝、西洋、河南、海洋5个行政村。乡政府驻干溪。乡道接黔（江）早（化）公路。
水市乡
水市乡位于黔江区西南部，面积103平方千米。辖水市1个社区，大山、青龙、新安、茶园、关里、杨柳、茂溪7个行政村。乡政府驻老场坝。濯（水）石（家）公路过境。
新华乡
新华乡位于黔江区西南部，面积52平方千米。辖大田1个社区，艾子、梨子、中安、新华、钟溪、石钟6个行政村。乡政府驻大田。乡道与黔（江）彭（水）公路交会。